Latar Belakang Historis
Madrasah Tsanawiyah Sunan Kalijaga berdiri pada 18 Juli 1983 di desa Siwuluh Bulakamba Brebes Jawa Tengah yang lingkungannya dalam masyarakat ekonomi rendah kebawah terbukti dengan predikat dengan desa tertinggal.
Pendiri Madrasah Tsanawiyah adalah para pemuka desa, tokoh ulama dan karyawan senior Departemen Agama Brebes.
Pada mulanya Madrasah Tsanawiyah Sunan Kalijaga yang dimotor oleh karyawan Senior Departemen Agama Kab. Brebes. Namun dengan berdirnya Yayasan Darussalam pada tanggal 19 Nopember 1993 dengan nomor statistik 03/27/E yang berdomisili di desa Siwuluh, maka atas kesepakatan bersama diadakan penyerahan wewenang dan untuk selanjutnya MTs Sunan Kalijaga bernaung di bawah Yayasan Darussalam untuk waktu tak terbatas.
Dalam perkembangannya MTs Sunan Kalijaga Siwuluh telah mendapat pengakuan resmi pemerintah dengan diperoleh piagam sebagai berikut :
1. Piagam pendirian dari Kanwil Departemen Agama Propinsi Jawa Tengah No. Wk/5.c/609/ pgm /Ts/ 1983 tanggal 5 November 1983
2. Piagam Terdaftar dari Kanwil Departemen Agama Propinsi Jawa Tengah No. Wk/5.c/ 27/ pgm /Ts/ 1987 tanggal 5 Desember 1987.
3. Piagam Terdaftar Kanwil Departemen Agama Propinsi Jawa Tengah No. Wk/5.C/PP.003.1/ 3420/1994 Tanggal 24 November 1994.
4. Piagam Diakui dari Kanwil Dep. Agama Propinsi Jawa Tengah No. Wk/5.a/PP.00/2547/95 Tanggal 22 Juli 1995.
5. Piagam dari Kanwil Departemen Agama Propinsi Jawa Tengah No. KW.11.4/4 PP.03.2 / 624 .29.08/2005 sebagai Madrasah Terakreditasi dengan peringkat B ( Baik ) tanggal 18 April 2005.
6. Sertifikat Akreditasi dari Badan Akreditasi Nasional Sekolah/Madrasah dengan hasil Akreditasi A pada tanggal 11 November 2009.
